Il santuario è sorto sicuramente su un insediamento medioevale. Le prime notizie certe si hanno a partire dal 1377, ma Cotrino nasce con la leggenda del ritrovamento dell’immagine della Madonna, avvenuta nel 1605 ad opera di una contadina della Basilicata venuta a Latiano per volere della Madre di Dio.

L’antica effige risale agli inizi del 1600 e fu collocata sull’altare maggiore della cappella eretta nel 1627, restaurata e ampliata con una facciata neoclassica nel 1856.

Nel 1915 fu realizzato l’attiguo monastero gestito dal 1922 dai Monaci Cistercensi; è stata realizzata anche una nuova e maestosa chiesa, progettata dagli ingegneri Oronzo e Luigi Sticchi di Maglie.

Sulla strada vecchia che collegava Latiano ad Oria sorge il piccolo santuario, annesso al monastero dei Padri Cistercensi e dedicato alla Madonna di Cotrino. All’ingresso si legge la seguente iscrizione latina: Hoc Templum A.D. MDCCCLXXXII Paulus Gioja pro sua civiumque salute magnificavit. Da ciò si deduce che il tempio venne ingrandito nell’anno 1882, con la costruzione anche dell’attuale facciata. Entrati nella piccola chiesa, l’occhio del visitatore si concentra subito sull’effigie della Vergine, posta attualmente al centro dell’altare maggiore, dove si trova a partire dal XVIII secolo. Originariamente, infatti, la sacra effigie era collocata nella parete laterale verso la strada vecchia di Oria, per poi essere trasportata col vecchio muro, in cui era dipinta, nella parete di prospetto, al di sopra dell’altare maggiore.

La Chiesetta mostra, in generale, un’architettura semplice, con elementi baroccheggianti presenti nel presbiterio e soprattutto sull’altare maggiore, che rappresenta la parte più antica e più interessante dell’intero santuario.

La volta, di recente restaurata ad opera di Giuseppe Calò, nascondeva una stupenda raggiera eucaristica, con al centro la scritta IhS (Iesus hominum Salvator), attorniata dai simboli eucaristici del calice, del campanello e del messale e da una stella, forse simbolo mariano. Ai lati, fa da contorno un particolare di sfumature cromatiche sul verde-verdone, con un gioco speciale di ombre e di luci, simile a stoffa preziosa.

E’ presente inoltre un nuovo santuario, di cui i lavori di costruzione ebbero inizio nell’anno 1978 e furono ultimati nel 1992. La prima pietra fu benedetta il 22 ottobre 1978 dal padre Nivardo Buttarazzi, Abate Preside della Congregazione Cistercense di Casamari. Il nuovo edificio fu progettato dagli ingegneri Oronzo e Luigi Sticchi e la realizzazione dell’opera fu affidata all’impresa edile «Simeone D’Antona».

La chiesa è lunga 55 metri, di cui 8 destinati al porticato d’ingresso o sagrato; è alta 28 metri sul piano del piazzale, degradando a metri 20 nella navata centrale e metri 16 in corrispondenza del presbiterio. La superficie totale è di metri quadri 1500, coprendo uno spazio che è 12 volte più grande dell’antico santuario. La dedicazione della nuova chiesa avvenne il 7 novembre 1992 con la presenza del vescovo di Oria mons. Armando Franco.